Người ta nói chung thường coi rằng Mạc phủ áp đặt và thực thi chính sách Tỏa Quốc để loại bỏ thế lực tôn giáo và thực dân trước hết của Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha, được cho là tạo ra sự đe dọa với sự ổn định của Mạc phủ và hòa bình của quần đảo. Số lượng người cải đạo Công giáo ngày càng tăng ở phía Nam Nhật Bản (chủ yếu là Kyūshū) được nhìn nhận như một mối đe dọa quan trọng.

Thiên hoàng rất lo ngại khi ông biết đến việc người Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha đã bình định Tân Thế giới như thế nào, và nghĩ rằng Nhật Bản sẽ sớm trở thành một trong các thuộc quốc của họ.

Các thương nhân người Anh và Hà Lan theo đạo Tin lành đổ thêm dầu vào lửa khi buộc tội các nhà truyền đạo người Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha truyền giáo một cách có hệ thống, như là một phần của chính sách cai trị về văn hóa và thực dân hóa các nước Á Châu. Số lượng người Công giáo ở Nhật Bản tăng nhanh vì nỗ lực của các nhà truyền giáo, ví dụ như Francis Xavier và các đại danh cải đạo. Lý do trực tiếp dẫn đến việc áp đặt chính sách Tỏa Quốc là cuộc nổi loạn Shimabara năm 1637-1638, một cuộc nổi dậy của 40.000 nông dân phần lớn theo Công giáo. Sau việc này, Mạc phủ buộc tội các nhà truyền đạo xúi giục cuộc nổi loạn, trục xuất họ ra khỏi đất nước, và nghiêm cấm tôn giáo này bằng án tử hình. Những người Công giáo Nhật Bản còn lại, phần lớn ở Nagasaki, tập hợp lại thành một cộng đồng ngầm và được gọi là Kakure Kirishitan. Tất các mối liên hệ với thế giới bên ngoài bị Mạc phủ, và các phiên có nhiệm vụ giao thương (Đối Mã, Matsumae, and Satsuma) hạn chế nghiêm ngặt. Thương nhân Hà Lan được cho phép tiếp tục buôn bán ở Nhật Bản và phải đồng ý không dính líu vào các hoạt động truyền giáo. Ngày nay, tỉ lệ người Công giáo trong dân số Nhật Bản (1%) vẫn ít hơn nhiều so với các nước Đông Á khác như Trung Quốc (5%), Hàn Quốc (7.9%), Việt Nam (8%) và Philippines (hơn 80%).

Chính sách Tỏa Quốc cũng là một cách kiểm soát thương mại giữa Nhật Bản và các quốc gia khác, cũng như khẳng định vị thế mới của Nhật trong khu vực – việc giúp Nhật Bản thoát khỏi quan hệ cống nạp đã tồn tại giữa nó và Trung Quốc qua nhiều thế kỷ trước đây. Việc chống lại Tỏa Quốc từ trong nội bộ Nhật Bản trong thế kỷ 18 không mang lại kết quả.[4] Sau đó, chính sách Tỏa Quốc là chính sách bảo vệ chính với việc suy kiệt tài nguyên thiên nhiên Nhật Bản – ví dụ như bạc và đồng – ra thế giới bên ngoài. Tuy vậy, trong khi xuất khẩu bạc qua Nagasaki bị Mạc phủ kiểm soát cho đến khi dừng mọi hoạt động xuất khẩu, việc xuất khẩu bạc qua Triều Tiên vẫn tiếp tục với số lượng lớn.[1]

Cách Nhật Bản bắt kịp kỹ thuật phương Tây thời kỳ này là việc nghiên cứu y học và các tài liệu khác bằng tiếng Hà Lan có được từ Dejima. Quá trình này được gọi là Lan học (Rangaku). Nó trở thành lỗi thời sau khi đất nước mở cửa và chính sách Tỏa Quốc sụp đổ. Sau đó, nhiều sinh viên Nhật Bản (ví dụ như Kikuchi Dairoku) được gửi đi học ở nước ngoài, và nhiều người nước ngoài được thuê đến Nhật Bản (xem o-yatoi gaikokujin).

Chính sách này chấm dứt với Điều ước Kanagawa để đáp lại yêu cầu của Matthew Perry.